21 đội bóng được chia đều vào 3 bảng theo khu vực địa lý để thi đấu như sau:

• Bảng A: Hà Nội ACB, Hòa Phát Hà Nội, Nam Định, Thanh Hóa, Than Quảng Ninh, T&T Hà Nội, Trung tâm Viettel, Xi Măng Hải Phòng.
• Bảng B: Bình Định, Khatoco Khánh Hòa, Navi Bank Sài Gòn, Sông Lam Nghệ An, SHB Đà Nẵng và Trung tâm Bóng Đá Hải Phòng.
• Bảng C: Cần Thơ, Đồng Nai, TĐCS Đồng Tháp, Đồng Tâm Long An, TDC Bình Dương, Tây Ninh và Tiền Giang.

Các đội thi đấu vòng tròn hai lượt tính điểm, xếp hạng ở mỗi bảng để chọn tám đội vào thi đấu ở Vòng chung kết:+ Sáu đội xếp thứ nhất và thứ nhì của cả ba bảng.+ Đội xếp thứ ba bảng A.+ Chọn một đội trong số hai đội xếp thứ ba của hai bảng B & C có điểm và các chỉ số cao hơn; đội xếp thứ ba tại bảng C không tính kết quả hai trận đấu lượt đi và lượt về với đội xếp thứ bảy ở cùng bảng khi so sánh với đội xếp thứ ba tại bảng B.

Sau khi vượt qua vòng loại, 8 đội lọt vào Vòng chung kết sẽ bắt cặp thi đấu theo thể thức loại trực tiếp 2 trận lượt đi và lượt về trên một sân. Sau hai lượt trận, 4 đội thắng cuộc sẽ giành quyền vào thi đấu tại Bán kết theo thể thức loại trực tiếp 1 trận để xác định cặp đấu tranh cúp vô địch tại trận Chung kết.